世界政府

从大监狱的下水道进入后，穿越“不可能存在的路”才能到达的犯人们的秘密乐园（区）。让许多犯人神秘消失的“魔鬼邀请”不过是个幌子。拥有从level1到level6的通道，所有楼层的犯人都可能进入。进入后，首领（安布里奥·伊万科夫）会将该人进行人身改造，使其改变成“新人类”（在海底大监狱level6里曾对看守员使用过，使用后将艾斯的牢笼告诉了路飞和伊万）。

·地下六楼lv6无限地狱

进去的都是些了不得的人，里面不是死刑犯就是终身监禁。根据安布里奥·伊万科夫表示，所关的罪犯为过于凶恶而从历史中抹消的怪物级人物，在这层的犯人都是十分强劲的家伙，下场死刑或终身监禁，由于在这层的犯人作恶多端，作出一些超出残酷程度的事件，所以普通人也不知道有这一层，甚至连报纸和世界政府也不敢公布。海底大监狱看守长雨之希留、卡·特里娜·蒂波、巨大战舰圣胡安·恶狼、大酒之巴克斯·乔特被囚禁在这里的。

设施

·巨型升降机

来往监狱楼层，两边粗大的绳子在转轮上滚动，有狱卒看守及控制。

·身体检查室

给到访监狱的人士在内进行身体检查。

·监视电话虫

来回巡视并不断地传送图像。

·监视室

用以监视犯人及即时通讯的房间。

·拷问室

用以拷问犯人的房间。

·死刑台

处死犯人的地方。

·吊桥

作为监狱对外唯一出口，将其拉起来便能对监狱本身行成封锁。

·拷问器具仓库

用作摆放拷问犯人的用具的房间，副署长就是被困在这里。

曾服刑人员

·海侠吉贝尔

世界政府标志

王下七武海之一，因拒绝海军的强制召集及走来海军本部大闹一场而被送进监狱。被囚禁于海底监狱的第六层。现已越狱。

·沙·克洛克达尔

前任王下七武海、阿拉巴斯坦内乱的主谋及秘密犯罪组织·巴洛克华克社长，因阴谋败露而被送进监狱。曾被囚禁于海底监狱的第六层。现已越狱。在海军总部跟白胡子对着干，后来保护路飞离开马林梵多。

（克洛克达尔）（波特卡斯·d·艾斯）（海侠吉贝尔，甚平）被关在同一层，第6层。

·奇迹之人艾波利欧·伊万克夫

桃·色乐园卡玛巴其王国（也称人妖满满国）女王，以莫须有的罪名而被捕。曾被囚禁于海底监狱的第五.五层。现已越狱。

人称“奇迹之人”，荷·尔·蒙果实能力者，荷·尔·蒙自如操緃人，利用自身的荷·尔·蒙进行人体的性别思想结构的随意改造，被称为“人类改造工程师”。遽闻其医术高明，曾把医生认为无药可救的人、濒临死亡的国家救活，留下“救济传说”的史上最强的人妖王。因莫须有的罪名入狱而关在lv5，后来因几年前发生“魔鬼邀请事件”，从监狱里失踪，名字也就从犯人名单中被删除了。路飞被麦哲伦打败后曾接受伊万克夫的治疗，而后路飞已痊愈，560话时人妖王对上了老朋友巴索罗缪大熊，由于巴索罗缪大熊已经完全被政府改造，人妖王不得不与暴君熊一战。顶上战争接受后与众人妖回到了‘桃·色乐园’人妖满满王国，并训练了山治。

·达兹·波尼斯

赏金猎人，斩斩果实能力者，巴洛克华克高级特务。曾被囚禁于海底监狱的第四层。现已越狱。

·加尔·帝诺

囚犯编号：d0464，蜡蜡果实能力者，巴洛克华克高级特务。曾被囚禁于海底监狱的第二层(即魔兽层)。现已越狱。

·小丑巴基

囚犯编号：e8200，巴基海贼团船长。曾被囚禁于海底监狱的第一层。现已越狱后在总部大闹。

·金狮子

飞天海贼，飘飘果实能力者，海贼王2009年剧场版水晶航海记中的传说人物。推进城20年前唯一位越狱成功的海贼

·闪电

南海革命家。曾被囚禁于海底监狱的第五层。现已越狱。

·卡·特里娜·迪波历史上最凶恶的女囚犯，被囚禁被囚禁于海底监狱的第六层囚犯，现已越狱，并且加入黑胡子海贼团。

·大酒之巴克斯·乔特于海底监狱的第六层。

·巨大战舰圣胡安·恶狼（船）被囚禁于海底监狱的第六层囚犯，现已越狱，并且加入黑胡子海贼团。

雨之希留被囚禁海底监狱第六层。现已释放，并加入黑胡子海贼团。

·以及大量海底监狱囚犯

从海底监狱成功脱逃的犯人共计241名。

内部管理人员