1991年冬，自称是“克格勃上校”邦达列夫到达西伯利亚黑天鹅港，他在那里看到龙类骨骸与基因实验。但谁也不曾料到，他的到来为这个绝密的基地带来毁灭。港口爆炸后，他携带古龙胚胎离开，从此龙族世界的命运发生了改变。与此同时，一个神秘男孩带着女孩雷娜塔也悄悄离开西伯利亚。20年后，日本海域发现龙族心跳信号，校长昂热亲自制定SS计划，混血种少年凯撒、楚子航、路明非接受特别任务空降日本。一到东京，他们就受到日本分部的盛情接待，执行员源稚生成为他们的导游。三个性格各异的少年带着任务压力来到东京，见分部领袖、交日本朋友、同时也流连街头夜生活、商场购物街，玩的不亦乐乎。随后，三人正式开始水下任务，深潜器将恺撒小组送至八千米深的海域，他们见到了令人惊嘆的龙族城市。就在此时，龙族胚胎开始孵化，深潜器突然出现问题，日本分部失去联系，情况万分危急，三个少年将面临有史以来最严峻的考验。他们究竟如何摆脱困境？海底龙城有着什么样的历史？蛇岐八家的阴谋是什么？20年前这个被命名为“零”的少女，与路明非的那位同级同学之间有什么联系？20年前这段重生的往事，又将怎样影响着人类与龙族的未来？