划分战区，调整兵力部署

徐州会战后，中国守军第1战区程潜所部主力退至河南信阳以西，第5战区李宗仁所部则退守鄂豫皖边境大别山一带。第3战区顾祝同所部驻守九江以下的长江南岸一带。

国民政府军事委员会为适应当前作战局势，增强指挥机构与作战能力，决定调整作战序列，于1938年6月中旬新编第9战区。同时决定以第5、第9两个战区所属部队保卫武汉。新编组的第9战区，以陈诚为司令长官，主要防御鄱阳湖西岸及田家镇要塞以东地区，防止敌人突破防御阵地，所辖第1兵团在南昌至德安附近鄱阳湖西岸一线组织防御，阻敌西进；第2兵团在德安至九江一线组织防御，阻止敌人沿长江进攻武汉。第5战区所辖第3、第4兵团担任长江以北、大别山东麓地区的防御；武汉卫戍部队和江防守备部队，固守武汉核心地区和武汉外围沿江要地。

1938年6月中旬，国民政府军事委员会编成武汉会战中国军队作战指挥序列：

总指挥：蒋介石

第9战区：司令长官　陈诚（长江南岸）

第1兵团：总司令　薛岳

第20集团军：总司令　商震（辖第32、第18军）

第9　集团军：总司令　吴奇伟

第　29　军团：军团长　李汉魂（辖第64、第70军）

第　37　军团：军团长　王敬之（辖第25军）

第4、第8、第66军

第74、第29军

鄱阳湖警备司令部

第2兵团：总司令　张发奎

第30集团军：总司令　王陵基（辖第72、第78军）

第3　集团军：总司令　孙桐宣（辖第12军）

第31集团军：总司令　汤恩伯（辖第13、第98军）

第　32　军团：军团长　夫麟征（辖第52、第92军）

第　11　军团：军团长田北要塞指挥官　李延年（辖第2军）

田南要塞指挥官　霍揆彰（辖第54军）

武汉卫戍区：总司令　罗卓英

江南区指挥官：周嵒（辖第75军）

江北区指挥官：万耀煌（辖第6、第16军）